سيستم درجه بندي نينجوتسو  به دو دسته تقسيم ميشود  ، اين دو دسته عبارتند از کيو و دان
درجه بندي کيو :
 اين درجه بندي براي هنرجويان عادي بوده و آنرا با بستن کمربند هاي رنگي نشان مي دهند ( ملاک شماره کيو مِيباشد  ، نه رنگ کمربند ) ملاک گرفتن کيو عبور از امتحانات سخت و دشواري است که لازمه مکتب قدرتمند نينجوتسو مي باشد  ، جالب است بدانيد اين درجه بندي کيو بر اساس 5 عنصر اصلي نيز مي باشد در زير شما را با درجه بندي کيو بيشتر آشنا مي کنيم :
1-  کيو 10  : کمربند سفيد
2-  کيو 9  :  کمربند زرد     ( کا گاکوسي : هنرجوي آتش )
3-  کيو 8  :  کمربند زرد    ( کا گاکوسي : هنرجوي آتش )

4-  کيو 7  :  کمربند بنفش

5-  کيو 6  :  کمربند بنفش

6-  کيو 5  :  کمربند بنفش

7-  کيو 4  :  کمربند سبز    ( فو گاکوسي : هنرجوي باد )

8-  کبو 3 :  کمربند قرمز    ( چي گاکوسي : هنرجوي زمين )    

9- کيو 2  :  کمربند قهوه اي

10-  کيو 1  : کمربند مشکي

درجه بندي دان :

در نينجوتسو پس از دست يابي به کمربند مشکي ، درجه بندي دان قرار دارد که شامل 15 دان جهاني (از 1 الي 15 ) مي باشد که گرفتن آن به مراتب سخت تر بوده و احتياج به وقت بسيار دارد و نمونه آن قبول شدن در تست ساکي است که براي گرفتن دان 4 لازم مي باشد

بنابراين اگر مي بييند يک هنرجوي مکتب نينجوتسو  با سابقه کار طولاني تر نسبت به يک رزمي کار ديگر داراي کمربند رزمي با رنگ پايين تر ميباشد ، دليل آن فقط سختي و گستردگي اين مکتب نسبت به ساير ورزش هاي رزمي ( کاراته ، تکواندو ... ) مي باشد.

حال در زير به يک سري از القاب نينجوتسو مي پردازيم :

شو شين شا : مبتدي ، کمربند سفيد

اوچي دشي : شخصي که در خانه استاد خود در کنار کار تمرين مي کند

کوهاي : هنرجويي که درجه او از شما کمتر مي باشد

سن پاي : هنرجويي که درجه او از شما بالاتز است ، هنرجويي که حداقل 2-3 سال در خانه استاد خود کار کرده است

سنسي : لقبي است که شخص در بسياري از هنرهاي رزمي به دليل حرفه خود مي گيرد ، استاد

هو شي دو شي : درجه اي از معلمي که شي دو شي نمي باشد بنابراين زير دان 5 است به شرطي که مدرک فوق را اخذ کرده باشد

شي دو شي :  استادي با دان 5 به بالا

شيهان : در مورد اين لقب بحث هاي فراواني است ، معمولا تا شخصي از طرف هاتسومي سنسي به اين لقب خوانده نشود به او شيهان نمي گويند حتي اگر دان 14 داشته باشد

 سوک : پدر خانواده

کانچو : پدر خانواده ، بنيانگذار روش جديد

 رنشي : کمربند مشکي دان 3

شينوبي : نام ديگر و قديمي تري براي نينجا ، کمربند مشکي دان 4

شينوبي ميجين : رئيس نينجا ، کمربند مشکي دان 5

شينوبي شوجين : رئيس بزرگ ، کمربند مشکي دان 6

تاشي : با تجربه ، کمربند مشکي دان 2

يوشي : جنگجو  ، کمربند مشکي دان 1